Besonders im 21. Jahrhundert hat sich die Behörde sowohl baulich als auch organisatorisch ständig weiterentwickelt.
Ab etwa Mitte des letzten Jahrzehnts ist unsere Behörde, wie viele andere auch, von erheblichen Personaleinsparungen insbesondere im Allgemeinen Vollzugsdienst betroffen gewesen. Von ehemals 294 Bediensteten sank der anerkannte Personalbedarf auf zwischenzeitlich unter 250 uniformierte Mitarbeiter/-innen. Dies hatte umfangreiche Umstrukturierungen bei der Schwerpunktsetzung der hiesigen Anstalt und der dienstplanerischen Gestaltung zur Folge.
Diese Personalreduzierungen wurden in den letzten Jahren wieder rückgängig gemacht.
Neben den Veränderungen, die aufgrund der politischen und haushaltswirtschaftlichen Vorgaben erforderlich waren, ist die hiesige Behörde auch im Bereich der Organisations- und Personalentwicklung stets vorangeschritten. Ergebnisse dessen sind u.a. eine sich stetig fortentwickelnde, an den Behandlungserfordernissen der Klientel ausgerichtete Binnendifferenzierung sowie umfängliche Maßnahmen der Organisations- und Personalentwicklung, wie z.B. ein Fortbildungskonzept sowie weitere Konzepte oder Dienstvereinbarungen zur Integration neuer Mitarbeiter/-innen, zur Teilzeitbeschäftigung, Telearbeit, sexueller Belästigung am Arbeitsplatz oder zum betrieblichen Eingliederungsmanagement.
Am 01.03.2007 wurde die bisher der Anstalt angegliederte Außenstelle Senne 1 des offenen Frauenvollzuges geschlossen und die Zuständigkeit ging auf die JVA Bielefeld-Brackwede II (offener Vollzug, ab 2010: JVA Bielefeld-Senne) über.
Durch die Neuordnung der Vollzugslandschaft in Bielefeld zum 01.01.2010 bekam die JVA Bielefeld-Brackwede 1 einen neuen Namen. Sie wird seitdem unter dem Namen JVA Bieleleld-Brackwede weitergeführt.
Immer wieder führten auch veränderte Belegungssituationen zu internen Umstrukturierungen, zuletzt durch die erhebliche Zunahme von Untersuchungsgefangenen. Im Jahr 2017 bestand die JVA Bielefeld-Brackwede 40 Jahre lang.
Im Mai 2024 wurde das neu in Modulbauweise errichtete Hafthaus 8 mit 124 Haftplätzen in Betrieb genommen. Die Belegungsfähigkeit der Justizvollzugsanstalt Bielefeld-Brackwede beträgt seitdem 666. Erstmalig in der Geschichte der Anstalt ist eine Sozialtherapeutische Abteilung mit 15 Haftplätzen eingerichtet.