Die Justizvollzugsanstalt Bielefeld-Brackwede wurde als Ersatz für die damalige Haftanstalt Bielefeld (Gerichtsstraße) und das Landgerichtsgefängnis Paderborn geplant. Da das Gelände in der Gerichtsstraße zur Erweiterung des Amtsgerichts Bielefeld benötigt wurde und das Landgerichtsgefängnis Paderborn nicht mehr den Anforderungen des modernen Strafvollzuges entsprach, entstand die Idee für eine zentrale Untersuchungshaftanstalt für Männer und Frauen im Bereich Ostwestfalen

Im Jahre 1962 wurden erste Grundstücksteile in Bielefeld-Ummeln von einem Landwirt erworben. In den Jahren 1969/1970 wurden weitere Grundstücke in Ummeln gekauft. Somit betrug die gesamte Grundstücksgröße 12,7 Hekta. Die Erschließungsarbeiten begannen im Juni 1973. Die Inbetriebnahme erfolgte am 01.05.1977. Die offizielle Eröffnungsfeierlichkeit fand am 30.08.1977 mit Justizminister Dr. Posser statt.

Die Anstalt bestand bei der Eröffnung aus 6 Hafthäusern, wobei ein Hafthaus für Straf- und Untersuchungshaft von weiblichen Inhaftierten vorgesehen war. Die übrigen Hafthäuser waren für männliche Untersuchungsgefangene und männliche Strafgefangene des Erstvollzuges vorgesehen. Unter Anwendung der heimatnahen Unterbringung werden hier inzwischen auch Strafen von einer Dauer über 2 Jahren an Einweisungsgefangenen vollstreckt.

Als in den 70iger Jahren die innere Sicherheit der BRD durch terroristische Gewalttaten erschüttert wurde, stellte sich auch für die JVA Bielefeld-Brackwede im Hinblick auf die Unterbringung einschlägiger Gefangener ein erhöhtes Sicherheitsbedürfnis. In diesem Zusammenhang wurden Anfang der 80iger Jahre umfangreiche Um- und Erweiterungsbaumaßnahmen durchgeführt

Unter anderem wurde von September 1979 bis Mai 1982 ein verstärkt gesichertes Hafthaus mit 26 Haftplätzen erbaut. Zudem wurden in diesem Zuge an den Eckpunkten der Mauer nachträglich 4 Beobachtungskanzeln errichtet. Seit Bestehen der Anstalt waren hier insgesamt 7 weibliche Gefangene der RAF und 4 männliche Gefangene aus den Revolutionären Zellen untergebracht.

Im Sommer 1987 kam es zu einer schwerwiegenden Sicherheitsstörung, in deren 19stündigem Verlauf drei Gefangene zwei Vollzugsbedienstete als Geiseln nahmen, um dann unmittelbar nach Verlassen der Anstalt mittels Fluchtfahrzeug noch vor den Toren der Anstalt von Polizeikräften gestellt und überwältigt zu werden.

Bis zum 31.12.2000 befanden sich Gebäude und Grundstück im Landeseigentum, seit dem 01.01.2001 befindet sich die Liegenschaft im Besitz des BLB  NRW. In einem Mietvertrag zwischen dem Justizministerium und dem BLB ist das Mietverhältnis vertraglich geregelt.

In den Jahren 2000/2001/2002 wurde für 2,53 Millionen € die zentrale Heizungsanlage modernisiert, im selben Zuge wurden zusätzlich zwei Blockheizkraftwerke errichtet. 

Im Jahr 2004 wurde aufgrund der fälligen Bausubstanz für 250.000,00 € eine neue Arbeitstherapie für männliche Gefangene errichtet.

In den Jahren 2006/2007 wurde die Anstalt mit einer neuen Kameraanlage ausgestattet. Durch einen hohen Anteil an Eigenleistungen durch den hiesigen Werkdienst konnten die Kosten von ursprünglich 1,2 Millionen € auf 600.000,00 € gesenkt werden, gleichzeitig konnte die Anzahl der Kameras dadurch von 30 auf 67 erhöht werden.